Giằng co miền Bắc

Ngay từ khi Mạc Mậu Hợp bị thua lớn ở Thăng Long đầu năm 1592, nhiều hoàng thân nhà Mạc thuộc chi Mạc Kính Điển đã tìm cách lập nghiệp riêng để khôi phục.

Mạc Mậu Hợp thất thế, con trưởng Kính Điển là Mạc Kính Chỉ thu thập tàn quân chiếm cứ vùng Thanh Lâm và xưng vua ở Nam Giản thuộc Chí Linh, Hải Dương, lấy niên hiệu Bảo Định. Cũng ngay trong tháng 4 năm đó, Đà Quốc công Mạc Ngọc Liễn sau trận thua ở Tam Đảo đã chạy về phía bắc tìm dòng dõi nhà Mạc để lập làm vua. Ngọc Liễn tìm thấy con thứ của Kính Điển là Mạc Kính Cung ở Văn Châu, bèn lập Mạc Kính Cung làm vua mới.

Do sự ly khai của một số hoàng tộc, lực lượng của cha con Mạc Mậu Hợp, Mạc Toàn bị yếu đi. Sau khi Mạc Mậu Hợp bị giết, thế lực của nhà Mạc vẫn còn khá mạnh. Vũ An đế Mạc Toàn thế cô phải chạy sang theo Bảo Định Đế Kính Chỉ và chỉ xưng Vũ An vương.

Trong nhiều năm từ 1593 đến 1623, các vùng như Thái Nguyên, Lạng Sơn, Cao Bằng vẫn thuộc quyền quản lý của các tôn thất Bắc triều như Mạc Kính Chỉ, Mạc Kính Cung, Mạc Kính Khoan, Mạc Kính Dụng, Mạc Kính Chương...

Lê Thế Tông được rước trở lại Thăng Long tháng 4 năm 1593, đánh dấu mốc nhà Lê trung hưng. Đồng thời, quyền lực của họ Trịnh cũng được xác lập lên hàng chúa và được thế tập. Tuy nhiên, trong vòng 30 năm đầu, do sự uy hiếp của lực lượng họ Mạc, các chúa Trịnh đã 2 lần phải rước vua Lê chạy vào Thanh Hóa (1600, 1623).

Cùng lúc đó, chúa Bầu Vũ Đức Cung ở Tuyên Quang lại không theo nhà Lê như thời Nam-Bắc triều nữa mà từ năm 1594 quay sang liên kết với họ Mạc để chống triều đình Lê Trịnh.

Tái chiếm kinh thành

Mạc Kính Chỉ có phụ chính cũ là Ứng vương Mạc Đôn Nhượng giúp đỡ, chiếm cứ vùng Thanh Lâm và xưng vua ở Nam Giản thuộc Chí Linh, Hải Dương. Sang tháng 1 năm 1593, Kính Chỉ bị Trịnh Tùng đánh bại, cùng Vũ An vương Mạc Toàn và nhiều tông thất khác bị bắt và bị giết. Mạc Đôn Nhượng chạy lên Lạng Sơn rồi lâm bệnh qua đời.

Các thân vương khác tiếp tục chiếm cứ nhiều nơi ở Bắc Bộ. Theo kế dặn lại của Mạc Ngọc Liễn trước khi mất (1594), khi đại quân Lê Trịnh kéo đến, họ Mạc thường tránh, tản vào rừng núi hoặc chạy sang bên kia biên giới. Khi quân Lê Trịnh rút về, quân Mạc lại tụ tập. Đại Việt thông sử viết về chiến thuật này: "Quan quân tới đâu, quân giặc (tức quân Mạc) lập tức tản ra, quan quân đi thì chúng lại tụ lại, các huyện ở Thái Nguyên, Lạng Sơn khổ vì chúng". Chúa Trịnh điều những tướng giỏi như Hoàng Đình Ái, Nguyễn Hữu Liêu, Nguyễn Hoàng, Trịnh Đỗ đi đánh trong nhiều năm nhưng chỉ một bộ phận quân Mạc bị bắt hoặc giết, bộ phận khác vẫn chạy trốn và triều đình Lê Trịnh không thể trừ diệt hết.

Năm 1596, tướng Phan Ngạn bắt được Trang vương Mạc Kính Chương (cháu nội Kính Điển) ở Yên Quảng, mang về kinh giết chết.

Năm 1598, Mạc Kính Dụng sau mấy năm trấn giữ Thái Nguyên bị thua trận, bỏ chạy lên An Bác. Thổ quan là Phú Lương hầu[27] lừa dụ Kính Dụng trốn vào hang rồi sai người đi báo cho Trịnh Tùng. Trịnh Tùng điều quân tới bắt được Kính Dụng mang về kinh giết chết.

Vùng phía bắc Bắc Bộ chỉ còn lực lượng Mạc Kính Cung, Mạc Kính Khoan là đáng kể.

Tháng 5 năm 1600, ba viên Quận công Phạm Ngạn, Bùi Văn Khuê, Ngô Đình Nga chạy về hàng nhà Mạc. Nguyễn Hoàng nhân đó muốn về nam ly khai họ Trịnh, giả thác là đi đuổi bắt 3 viên tướng nhưng lại phóng hỏa đốt sạch doanh trại rồi xuống thuyền kéo quân vào Quảng Nam. Kinh thành rối loạn, lòng người dao động, Trịnh Tùng phải mang Lê Kính Tông rời bỏ kinh đô chạy vào Thanh Hoa.

Mẹ của Mạc Mậu Hợp[28] nhân đó tự xưng Quốc mẫu, cùng tông thất nhà Mạc trở về Thăng Long và sai người đón Mạc Kính Cung. Tướng Ngô Đình Nga mang quân lại hàng[29]. Lực lượng của Mạc Kính Cung lại mạnh lên, có vài vạn người[30].

Tháng 8 năm 1600, Trịnh Tùng mang quân ra bắc đánh Mạc Kính Cung. Kính Cung thua trận, chạy ra Kim Thành. Mẹ Mạc Mậu Hợp bị bắt và bị giết. Quân Lê Trịnh chiếm lại được Thăng Long.

Năm 1601, Trịnh Tùng lại ra quân đánh Mạc, sai Hoàng Đình Ái đánh Kim Thành, Mạc Kính Cung bỏ thành chạy lên Lạng Sơn, quân Lê Trịnh phá hủy doanh trại quân Mạc. Ít lâu sau, Mạc Kính Cung lại ra chiếm đóng Thái Nguyên và Tây Nông. Năm 1609, Trịnh Tùng lại sai Trịnh Đỗ đi đánh Mạc. Kính Cung rút chạy vào núi, quân Lê Trịnh không truy kích được phải rút về. Sau đó Kính Cung lại tiến về Cao Bằng và Kim Thành.

Tháng 11 năm 1621, Trịnh Tùng lại điều quân đánh Mạc. Kính Cung lại bỏ Kim Thành về Cao Bằng, xưng hiệu là Càn Thống. Cùng lúc, cháu gọi Kính Cung bằng chú là Kính Khoan cũng xưng hiệu Long Thái, không theo Kính Cung. Khi quân Lê Trịnh đánh đến Cao Bằng, cả Kính Cung và Kính Khoan đều bỏ chạy. Quân Lê Trịnh rút đi, Kính Cung lại trở về Cao Bằng.

Tháng 6 năm 1623, Trịnh Tùng ốm nặng, con thứ là Trịnh Xuân làm loạn muốn tranh ngôi. Thế tử Trịnh Tráng mang xa giá vua Lê Thần Tông chạy ra Ninh Giang. Trịnh Tùng sai em là Trịnh Đỗ dụ lừa Xuân đến và giết chết, không lâu sau cũng ốm chết ở Thanh Xuân. Trịnh Tráng lên thay ngôi chúa, thấy người theo Trịnh Xuân còn nhiều, bèn mang cả triều đình chạy vào Thanh Hóa lần nữa.

Nhân khi kinh thành lúc này bỏ trống, Mạc Kính Khoan đốc xuất binh mã tiến về Gia Lâm đóng đồn ở Thổ Khố, Châu Cầu. Nhân dân và các quần thần văn võ của triều Lê ở vùng này lại về với Mạc Kính Khoan, những người có lòng với triều Mạc cũng đi theo rất đông.

Tháng 8 năm 1623, Trịnh Tráng củng cố lực lượng đánh ra Thăng Long. Mạc Kính Khoan thua trận bỏ chạy lên Cao Bằng, nhiều thủ hạ theo hàng Trịnh Tráng.

Năm 1625, Trịnh Tráng đốc binh đánh nhà Mạc. Quân Lê Trịnh dùng kế hỏa cung đánh thắng quân Mạc, cuối cùng bắt được Mạc Kính Cung tại Cao Bằng, đem về giết tại kinh đô.

Cát cứ ở Cao Bằng

Sau khi Kính Cung bị bắt, Mạc Kính Khoan chạy vào lẩn trốn trong vùng người dân tộc Dao, tiếp tục tập hợp lực lượng. Sau đó Kính Khoan sai người dâng biểu về triều xin quy thuận. Chúa Trịnh cũng thấy không thể diệt ngay hết được nhà Mạc nên nhân danh Lê Thần Tông phong Mạc Kính Khoan chức Thống quốc công và giao trấn giữ vùng biên giới.

Nhà Minh, vì muốn duy trì thế Nam Bắc triều ở Việt Nam để có lợi cho Trung Quốc, nên đã can thiệp để họ Mạc được cát cứ ở Cao Bằng. Khi nhà Minh mất (1644), các vua Nam Minh - tàn dư nhà Minh - vẫn ủng hộ họ Mạc. Từ Mạc Kính Khoan, họ Mạc nối nhau trấn giữ ở đây trong nhiều năm.

Năm 1638, Kính Khoan chết, con là Mạc Kính Vũ lại xưng hiệu là Thuận Đức, tiếp tục cát cứ tại đây chống triều đình Lê Trịnh. Đến khi nhà Minh mất hẳn (1662) về tay nhà Thanh, họ Mạc vẫn nhờ can thiệp của nhà Thanh để cát cứ ở đây. Lực lượng Lê Trịnh nhiều lần lên đánh đều không tiêu diệt được. Năm 1643, Kính Vũ nhân lúc Trịnh Tráng đi đánh Nguyễn Phúc Nguyên ở Thuận Hóa đã đánh phá ra Thái Nguyên, Bắc Cạn. Khi chiến tranh với họ Nguyễn tạm ngưng, chúa Trịnh 3 lần điều quân lên Cao Bằng năm 1662, 1666 và 1667 nhưng Kính Vũ khi thua trận thường chạy sang Long châu (Trung Quốc), khi quân Trịnh lui thì Kính Vũ lại trở về Cao Bằng.

Tuy nhiên sau đó Mạc Kính Vũ lại giúp phản thần Ngô Tam Quế chống lại nhà Thanh nên không được ủng hộ nữa. Họ Trịnh nhân đó mới ra tay dẹp họ Mạc. Tới năm 1677, chúa Trịnh sai Đinh Văn Tả đi đánh thắng được quân Mạc. Mạc Kính Vũ chạy sang Trung Quốc. Việc trấn giữ Cao Bằng của họ Mạc lúc đó mới chấm dứt.

Những người họ Mạc bị đổi sang họ khác. Về sau, nhân khi chính sự Đàng Ngoài dưới thời Trịnh Giang rối ren, năm 1739, hậu duệ của họ Mạc là Nguyễn Cừ, Nguyễn Tuyển lại nổi dậy, mở đầu trong phong trào khởi nghĩa nông dân Đàng Ngoài chống Trịnh trong vài năm[31].